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2008年12月19日 (金)

踊れる研究者!?

以前、ヴィジュアル系の科学雑誌の時代?というエントリーでヴィジュアル系研究者の時代が来るかも?と予想したのですが、米国では”踊れる研究者求む!”という状況になりつつあるのでしょうか。Technobahnのニュースで知ったのだが、AAASがダンスで研究内容をプレゼンするコンテストを開いたそうな。

まぁ、コンテストだから良いようなものの、研究資金のプロポーザルにダンスのビデオクリップを付けろと言われた日には困ってしまう。ポスドクの募集要項に「ダンスの得意な方」とでも書くのかな・・・。

以下のダンスは”血液中の分子の運動”を表したモノらしい。赤いシャツがなんとなくそれっぽい。

# NHKのためしてガッテンのプロデューサーに監修してもらうと良いかも知れないな。

なお、私、踊らされるのはもう沢山です。

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2008年12月16日 (火)

文献リスト管理にFreewareを使う

ZOTERO & Windows live sync (Foldershare 改め) またはDropbox

ZOTEROはFirefox(2.0, 3.0)のプラグインとして動作する文献管理ソフトウエア。論文執筆に欠かせない文献リストの作成、管理、出力フォーマットまでやってくれる。

業界標準でEndnoteと 言うのもあるが、高いしあまり融通が利かないというので仕事を持ち帰って家で作業するには向かない。以前、XoopsというContents Management System (CMS)上で動くPubmedPDFと言うものも使っていた。PDFファイルの管理ができるのが良かったのだが、名前の通り基本的にPubmedにしか対応していないしXoopsの上でしか動かない。CMSのセキュリティー管理が趣味、と言う人ならともかく、私はパッチあてだのバージョンアップだのに頻 繁におつきあいするのが苦痛なので、そういう作業は極力避けたかったのだ。

# blogも最初はレンタルサーバーにMovable Typeをインストールして使っていたけど、管理が面倒なので結局cocologに引っ越したし。

一般のユーザーは喜んでフリーウエアのメンテナンスをしたがるものではないのだ。市販のソフトウエアだって、できれば新しいバージョンが出るたびに高いお金を払ってアップデートしたり、インストールし直したりするのも避けたいと願っている。 

その点、Firefoxのプラグインはアップデートが出れば自動的に更新される。しかも、基本的に無料だ。機能が少々劣ったって日常のメンテナンスの負担が小さいソフトの方が良い。これは自分が管理しなくてはいけないPCの台数が増えるほどに痛切に感じる。

PubmedPDF はCMSで動作するのでレンタルサーバー上にインストールしておけば、ネットがつながる環境であればどこからでも同じように使える点が優れている。一方、 ZOTEROはFirefoxのプラグインなので、デフォルトでは作成した文献データベースをローカルディスクのユーザーのフォルダーに作成してしまう (例えばC:\ユーザー\username\AppData\Roaming\Mozilla\Firefox\Profiles\foobaa.default)。・・・こうなるとデータベースの持ち運びが不便なので、ZOTEROの設定を変更してUSBドライブに保存先を設定す る等工夫が必要になる。

ZOTEROのバージョン1.5からは、複数のPCの間での同期が可能になるらしいが、 とりあえず現行のバージョンで何とかしたいので、MicrosoftのWindows live sync(ちょっと前までFoldershareと言った)で共有フォルダを設定して、そこにZOTEROのデータベースを置いてみよう。少し使ってみな いことには何とも言えないが、作業を始める前にまずフォルダーの同期の状態を確認しておかないと、せっかくデータベースを更新したのに問答無用で古いデー タで上書きされると言う悲劇が起こらないとも限らない(しかもoff lineのPC上のデータは同期されない)。

Windows live syncはクロスプラットホームではないのがアレだな、と思っていたらDropBoxと言うものがあるらしい。もう少し調べてみると、DropBox+ZOTEROで同期している方も あるようだ。これならプラットフォームが何でも問題ない!やってみようか。ファイル容量が50GBという有料サービスもあるらしいが、文献データベースで あればそんなにはいらない。しかも、こちらはWindows live syncとは違って、off lineのPCでも接続時自動的ににファイルが同期されるようにようになっているようだ。これは理想的だ。

# あとは不況のあおりで運営会社が止めてしまわないことを願う。

この他、PubmedPDFだとPMIDを打ち込むとタイトル、著者名など必要な情報を自動的にデータベースに登録する機能がある。ZOTEROではそこまでできないのかと、ちょっと思ってしまったのだが、ブラウザーのロケーションバーのアイコンをクリックするだけで登録できてしまう!こっちの方が簡単だ。年末年始の休暇中に切り換えてしまおう。

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2008年2月12日 (火)

PCR song!

PCRの歌、っていうのがあるんですね。ポスドク日記 in Swedenで知りました。

Bio-Radのサイト (クリックすると音楽を再生しちゃいます)にビデオクリップあるんですが、受けてしまいました。いやー面白い。We are the worldみたいな感じの歌ですが、PCRを担いで歌ってます。

Bio-Radのサーマルサイクラーはその昔はMJ-researchという会社が作っていました。小型軽量で、 96穴プレートタイプは、同時期に売られていたパーキンエルマーの製品の半分以下の設置面積でした。 初期の製品からペルチェ素子で冷却するタイプだったので、 重量もパーキンエルマー製のコンプレッサー内蔵型の1/3くらいだったのではないでしょうか。一人で持ち運べましたから。

その後、MJ-researchはBio-Radに吸収されてしまいました。

MJ-researchの初期型の製品は、PCR本体の隙間から中を見ると、円形のトランス(トロイダルトランスというんですが) が見えていました。そのタイプのトランスは、オーディオアンプにも使われているんですが、効率は良い反面、単価が高いというのが欠点で、 程なくMJ-researchの製品には使われなくなったようです。

# PCR装置についてのマニアックな昔語りでした。

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2005年10月12日 (水)

未来マグロブラック!

 出勤途中の電車の中で一人ほくそえむ不気味なおじさんと化しつつこの記事を書いてます。

 いや、面白すぎ。「国立大学法人東京臨海基礎科学大学生物基礎科学部自然史研究学科植物系統学研究室の日々

 どうやら私のツボにはまってしまったらしい。

佐藤サンプルのアキコさんの書き込みにあった、 近日発売の戦隊モノUSBメモリとは、これのことでしょうか。 …これはすごい。。青とか、黄色とか、緑のマグロ寿司がなぜ未来なのかは一切不明ですが、 そんな疑問をものともしない勢いがこの商品にはありますね。ぜひ、 未来マグロブラックも出して欲しいものです。出たら、腹黒い八月春のために買って、使わせます。

 うむ・・・そうか。しかし、わたしゃ未来マグロブラック永久に出ないような気がします。いえね、だって、 ただでさえミナミマグロと紛らわしいのに、マグロブラックとつながった日にゃ、見た人はこれはクロマグロかもしれんと誤認しそうで。

 いっそのこと、「イカ墨入りの黒いシャリと鮮やかな赤身の鮮烈なコントラスト!」 というありえない配色の方がうれしかったりします。もともと、一品ものなんだから、受注生産というのもアリではないかと。・・・いかん、 ほんとに欲しくなってきた。

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