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2010年8月22日 - 2010年8月28日の記事

2010年8月25日 (水)

顔文字スタンプ

Img_051
 今朝、NHKのニュース番組を見ていたら、ネットでよく見かける顔文字を印字できるスタンプという製品を紹介していた。
 まあ、何に使うのかと言われると困ってしまう様なものだが、論文の別刷りに、"著者謹呈 (^^)/~ "なんてスタンプが押してあるとこれはこれで面白い。

 そこで、ふと思ったのだけれど、論文で良くある言い回しに顔文字を組み合わせて勝手に読んでみると味わいがあるなぁ、と。
 たとえば、こんな感じ。

Introductionの用例

This is the first report of ... キタ━━(゚∀゚)━━ !!

It was not possible to determine whether ... m(. _ .)m

Materials and MethodsとResultsは、事実を淡々と書くので、どちらかと言えば顔文字はなじまないが、強いて言えば、

... (data not shown, m(_ _)m).

The host rice strain cv. Akenohoshi was a kind gift from Dr. Jean Domon, (*^_^*).

Discussionの用例

To our surprise (;*△*;), ...

... (data not shown, (+_+)).

Acknowledgementsの用例

This work was supported by ... m(_ _)m.

We thank Drs. xxx, yyy and ooo for intensive discussions (*^o^*).

 ま、顔文字自体が全世界共通ではないのであまり訴求力はないか。

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2010年8月24日 (火)

アシナガバチのコロニー崩壊?

 ミツバチのそれとは関係ありません。我が家の玄関脇に寓居しているフタモンアシナガバチ一家のことです。8月15日と24日(今日)の映像を比べると、若干ですが頭数が減っている様です。まだコロニーが拡大していく時期だと思うので妙な感じです。
Rimg0442 8/15
Rimg0451 8/24
倍率が違うのだけれど巣のドームが妙な形で破れているようだし。今朝朝刊を取りがてら近くを通ったらスズメバチがうろうろしていたので襲われてしまったのかもしれません。

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2010年8月23日 (月)

Ion torrent systemsのデスクトップ・シーケンサー

 Life technologies (旧 invitrogen)が、Ion torrent systemsを買収すると言うニュースが8/18流れていた。
 それまで私は"Ion torrent systems"という会社を知らなかったのだが、あれこれ調べてみるとこの会社がリリースする予定のDNAシーケンサーは、

  • Pyrosequencingの変法で
  • シリコンチップ上でシーケンス反応を行い
  • 検出系は光学系の代わりに、pHセンサーアレイを使って核酸の重合反応で放出されるH+を検出するので蛍光検出器も蛍光標識核酸も要らず
  • 出力を電気信号で直接取り出すので信号処理用のPCが要らない
  • 従って、シーケンサーの機械部分は試薬ポンプ+バルブ+アンプくらいなので本体価格が安く
  • 試薬も蛍光標識物質が要らないので安い

 などなどメリットが大きな代物であることが分かった。予定価格、スペックとしては

  • 本体価格 $50,000 (500万円以下)
  • 試薬消耗品代 $500/run (5万円以下)
  • 所要時間1時間
  • 今のところリード長は100-200 bp
  • 1 ラン当たり 100 Mb 程度

 シーケンス反応自体は454 life scienceの装置と似たようなものなので、キットを改良すると最終的には500-600 bpくらいまで性能が上がるだろう。

 本体価格もランニングコストも、GS juniorと競争できる・・・というか十分に勝算がある装置で将来的にはこの装置だ。いずれは$500でパーソナル・ゲノムの解読が出来るようになるかもしれない。Illuminaのようなシーケンス拠点用の装置とは対極に位置するものだが、研究室単位で揃えるにはこういうスペックの装置の方が向いている。

 でも、現在のキャピラリー・シーケンサーの後継にあたるような、数十から数百サンプルの同時処理に向いたシーケンサーは出来ないのだろうか。それとも、この種のスーパーシーケンサーを使って、サンプルごとのIDを仕込んだプライマーで予備増幅した試料を混合してシーケンスし、後でIDごとに分類してからアセンブルする、いわゆるbarcode sequencingで対応することになるのだろうか。プラスミドの構築と確認のためのツールとしては何がよいのか今後のアプリケーションの展開が待たれる。

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