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2010年4月25日 - 2010年5月1日の記事

2010年4月29日 (木)

早くないよ。あれっ早かったか。

生物研QTLセンターで解析したコシヒカリのゲノム情報がDDBJから公開されています。
# 4/5から公開されています。
http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/whatsnew2010-j.html#10040502

で、論文はこちら。

Toshio Yamamoto et al., “Fine definition of the pedigree haplotypes of closely related rice cultivars by means of genome-wide discovery of single-nucleotide polymorphisms,” BMC Genomics 11, no. 1 (2010): 267.   

4/27付け(現地時間)でパブリッシュ。私は、さっき知りました。

昨日(28日)、QTLセンターの某君に電話して

「DDBJからコシヒカリのゲノム情報が公開されているのだけど・・・」

と聞いたら、

「おぉ、早いね」

と、ちょっと喜んだレスポンスだった。そりゃぁパブリッシュされた当日に論文についての問い合わせがあれば誰だって喜びます。でも、私はその時点では論文が出たことは知らず、データが4/5公表で今日の問い合わせなら、そんなに早くもないと・・・知らなかったとはいえ、いや申し訳ない。

ともあれ、主要部分をサマライズすると、

シーケンスしたデータ量は5.89 Gb(イネゲノムの15.7倍) これを日本晴のシュードモレキュル4.0にマッピングした。対応した領域は日本晴の80.1%相当。同定されたSNPsは67,051個。過去150年間に日本で育成されてきた代表的な151系統の在来品種を識別できる、全ゲノムをカバーする1917 SNPsサイトに対応したアレイを作成。 コシヒカリのハプロタイプ60.9%の起源が同定され、18個の保存されたハプロタイプブロックは、伝統的な在来品種から育成品種に引き継がれていた。さらに、現代の育種の過程では遺伝的多様性が喪失してきたことが予測された。

概ねこんな感じです。

アレイで決められるハプロタイプの数にもよるけれど、特製のタイピング・アレイのコストが今後もあまり下がらなければ、シーケンスした方が安くなるだろう。数年内にはヒト・ゲノム1人10万円台に突入するだろうし、ヒトのタイリングアレイの価格は30万円台なので、これが高止まりするようだと、アレイによるタイピングのコスト優位性は急速に失われていくだろう(リシーケンスのアセンブルの所用時間がどのくらいかにもよる)。

IRRIでは109,000系統のタイピングをするというし(手法は謎)、いかに精密であっても数百系統のデータで勝負できる時期は、もうそう長くはない。恐ろしい時代になったものです。

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