家族ゲノム

20年ほど前だったか、松田優作主演の家族ゲームという映画があったっけ・・・そうではなくて、4人家族のゲノムをそっくり解読しましたというのがこの論文。

Roach, Jared C., Gustavo Glusman, Arian F. A. Smit, Chad D. Huff, Robert Hubley, Paul T. Shannon, Lee Rowen, et al. “Analysis of Genetic Inheritance in a Family Quartet by Whole-Genome Sequencing.” Science (March 10, 2010): science.1186802. http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/science.1186802v1 .

何かの変異について原因遺伝子を特定しようとすると、作物など栽培できる植物の場合は雑種集団を作って表現型と遺伝子型の分離を調べてゲノムウォーキングをして・・・と言う手順で原因遺伝子候補にたどり着き、最後は遺伝子組換えで野生型の遺伝子を導入してコンプリメンテーションを確認することで一件落着させている。

しかし、ヒトの場合は研究者が雑種集団を勝手に作る訳にはいかないし、遺伝子組換えでコンプリメンテーションを確かめるわけにも行かない。そこで、これまでは家系図を辿って数世代の親子関係と親戚の関連を確かめて、DNAマーカーで特定の領域まで狭めると言う戦略が永く採られてきた。 連鎖解析あるいは連鎖不平衡マッピングと言われる解析手法だ。

最新型の超高速のシーケンサーを使って親子のゲノムを一気に解読すると、ホモ接合で遺伝病（この論文の場合は、ミラー症候群と原発性線毛運動不全症）の発症と関連する領域が特定できる。もはや質的形質の原因遺伝子の特定については（物質の量に換算すると何でも量的形質にはなるのですが）、家系をたどってSNPで染色体の保存領域を同定する分析手法や自然集団を利用したゲノムワイド・アソシエーション解析さえも過去のものになりつつあるようだ。

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