2014年12月
  1 2 3 4 5 6
7 8 9 10 11 12 13
14 15 16 17 18 19 20
21 22 23 24 25 26 27
28 29 30 31      

最近のトラックバック

どこからきたの?

  • なかのひと

Google Analytics

« 2009年2月8日 - 2009年2月14日 | トップページ | 2009年2月22日 - 2009年2月28日 »

2009年2月15日 - 2009年2月21日の記事

2009年2月20日 (金)

不作為による危害に責任はないのか?

2011年にゴールデンライスをリリースする予定というレポートはこちら

---

私は不勉強にしてヴァンダナ・シヴァという人物やその主張を良く知らない。

こちらの”Where Angels Fear To Send Trackbacks ”によれば、緑の革命への反対運動等を通じて有名になった”環境活動家”らしい。本人の著書を読めばよいのだろうが、私はもと育種家として、近代的な品種を攻撃する人物に間接的にせよ活動資金を供給する気にはなれないので、読むとしても図書館で借りて読むことになるだろう。

いずれにしても、品種そのものや育成技術と、それを社会に調和させるスキームとを混同して、多収品種そのものが貧困の原因になったとするような議論はいただけない。多収品種は近代的な営農スタイルの一つの構成要素に過ぎないし、その普及を止めたところで、それ以前と比べてだれも幸福にはなれない。

昨今の遺伝子組換え作物に対する反対運動を見ていると、具体的な危害に対する批判や、リスクに対する市民の恐れよりも、アンチ・テクノロジーという一種のイデオロギーを間接的な原動力にしているように思える。直接的な原動力はもちろんカネだろう。

反対の対象が何であれ、反対運動で生計を立てているプロフェッショナルの活動を純粋に金銭的な収支から見てみると良い。著名な活動家はどうやって生計を立てているだろうか?NPOなどの団体からのカンパや義援金に著書の印税、弁護士であれば訴訟の際に原告から支払われた弁護士費用もあるだろう。それが得られなければ、多くの時間を反対運動に費やすプロフェッショナルとしては生きていけない。

今年もISAAAのリポートが公表された。全世界の遺伝子組換え作物の作付面積は、昨年に引き続き、10%台の成長率を維持している。現実の農業生産に対して、遺伝子組換え作物に対する反対運動は、マスコミに露出して市民を惑わす以上の成果を挙げていないように思える。しかし、プロフェッショナルの活動家にとってもこれは好都合である。”仮想敵”が強大であるほど活動の意義は強調されるからだ。仮想敵は強大なほど良い。政府、モンサント、マイクロソフト、コカコーラなどの大企業、グローバリゼーション、地球温暖化、環境ホルモンにナノ粒子(ちょっと小さいか)、どれもなかなか手ごわそうだ。NPOがちょっと反対したくらいでめげてしまうような”仮想敵”が相手ではライフワークとして活動を継続できないのだから。

社会問題に対して百家争鳴の議論がある時、一方の極にプロフェッショナルの活動家が居れば、反対の極には何らかの研究者が専門家として存在する。つまり、ある意味では、我々のように技術開発を行なう分野の研究者のおかれている立場も、プロフェッショナルの活動家と相通じる点がある。それは、研究対象が解決しようとする問題が大きいほど研究の重要性を主張しやすい点だ。すぐに解決できる問題では研究が継続できないし、瑣末な問題では研究費がなかなかとれない。問題の重要性を社会や行政官にアピールして、長期的な取組みができるように説明することは、我々研究者にとっても重要だ。下世話な言い方をすれば、問題の解決が難しいほど長くメシの種になる。

しかし、プロフェッショナルの研究者とプロフェッショナルの活動家の間には決定的な違いがある。活動家はどこかに行って喋るか、本を書くだけでよいのだが、技術開発を行なう分野の研究者は最終的には問題を解決しなければならない宿命を負っていることだ。

本当にヴァンダナ・シヴァがゴールデンライスを批判する際に「そんなものはいらない。リンゴひとつ食べればビタミンは補えるもの」と言ったかどうかはわからない。リンゴでビタミンAを補給できないことは家庭科を学習した大抵の日本人知っていることだろう。全く黒影さんご指摘の通りだ。

単純な事実として、途上国では貧困から来るビタミンAの不足から、少なからぬ乳児が死亡し、人々が失明している(学齢前の子供の死亡率を23%押し上げているという推計もある)。WHOで取組んでいるビタミン欠乏に対する対策の筆頭がビタミンAであることからも、その重要性は伺える(たとえばこちら)。ブータンやネパールには国のビタミンA補給プログラムがあるというし、日本だって国民の栄養状態が悪かった時期には、給食で肝油が配られた時期がある。しかし、工業的に合成されたビタミンAを継続的に供給し続ける場合にさえも、それなりの社会的なコストがかかるのだ。

遺伝子組換えイネの良いところは、F1品種が主流のトウモロコシとは違って自家採取できることだ。ゴールデンライスの開発者は知的所有権を主張しないと言っている。もしそうであれば、ゴールデンライスが一般農家に普及すれば、工業的に生産されて供給されるビタミンAを部分的に代替することで供給コストを下げることができるし、場合によっては通常の米と同等のコストでビタミンAの所要量全量をまかなえる可能性だってある。

ヴァンダナ・シヴァが、途上国でビタミンA欠乏の影響を受けている2億5千4百万人の人々 の為にどんな対策をとっているのか私は知らない。しかし、もし本当に「そんなものはいらない。リンゴひとつ食べればビタミンは補えるもの」と言ったのであれば、彼女はビタミンA欠乏についてどれほどの知識を持っているのか非常に疑わしい。

そして、もし仮に、その心もとない根拠と、今だ実証されていない遺伝子組換え作物のリスクを盾にゴールデンライスの開発に水を注している一方で、ビタミンA供給プログラムを積極的に支援していないのであれば、実際にビタミンA欠乏に苦しむ人々に対して、不作為による危害を加えているのだということを知るべきだ。仮想的な未だ発生していないリスクと、現実に発生している危害に対する重み付けのバランスが著しく不適切なのだと。

# Golde riceの開発で寄付金を募ってないのだろうか。探してみよう。そして、定額給付金を寄付しよう・・・ま、政府の趣旨には沿わないが、途上国の支援にはなるだろう。

人気blogランキングへ←このエントリーの情報はお役に立ちましたか?

クリックしていただけると筆者が喜びます!

2009年2月19日 (木)

煙がタネに浸みる?

”煙”といえばこの曲を思い出す。Smoke gets in your eyes. 邦題では「煙が目にしみる」というのだけれど、"Smoke gets in my eyes"ではない。かといって、「煙がおまえの目にしみる」では、何だか演歌風だし。

今日のお題はこの曲とはあまり関係ないのだが”Karrikins”(カリッキンと発音するのだろうか)という植物ホルモン。なんでも”煙”から発見された物質で、植物の種子に発芽シグナルとして作用するという。

オーストラリアの研究グループによる仕事がこちら。

David C. Nelson et al., “Karrikins Discovered in Smoke Trigger Arabidopsis Seed Germination by a Mechanism Requiring Gibberellic Acid Synthesis and Light,” Plant Physiol. 149, no. 2 (February 1, 2009): 863-873, doi:10.1104/pp.108.131516. 

折しもというか、南部オーストラリアは最近有史以来最大規模の森林火災に見舞われている。数百人が落命し、生涯で築き上げてきた資産をわずか数分で失われた方々も少なくない。被災された方々には心からお見舞い申し上げる。この災厄のちょっと前にこの仕事がオーストラリアの研究グループから報告されたことは何とも奇遇だ(大学は西オーストラリアだけどね)。

アブストラクトを”超訳”するとこんな感じ。
---
Karrikinsは、火事の後一斉に発芽する植物などで働くことが知られていた一種の植物ホルモンなのだが、その作用機序をこの論文で初めて明らかにした。意外なことに、というか幸運にも、この物質はアラビドプシスの発芽を促進する。従って、このシグナル分子は、被子植物では思ったより重要なものらしい。Karrikinsはアラビドプシスの休眠種子に対して、既知の植物ホルモンや構造が似たストリゴラクトン GR-24より効果的に発芽を引き起こす。Karrikinsと総称される物質の一つにKAR1があるのだが、その発芽促進作用は、遺伝学的多様性や休眠の深さに左右される。植物ホルモンに関する変異体の発芽試験によって、アブシジン酸でKAR1の反応は抑制され、ジベレリン生合成の能力は必要とされる。sleepy1 変異体は発芽率が低いのだが、KAR1によって部分的には回復する。これは、Karrikinsによる発芽促進が部分的にはDELLA依存性であることを示唆している。KAR1は、外来のジベレリンに対する感受性に対しては作用が弱く、種子の吸水の際に、ジベレリン合成遺伝子であるGA3ox1GA3ox2の発現を促進する。発芽に至るまでの明らかな違いはないにもかかわらず、種子の内生アブシジン酸とジベレリンのレベルはいずれも、小根出芽前のKAR1処理によってかなり影響される。暗黒下でGA3ox1の誘導は限定的に起きるものの、アラビドプシスの発芽へのKAR1の刺激は光依存性で、近赤外光で可逆的に反応する。この光要求性とジベレリン生合成の要求性の発見は、Karrikinsの作用の仕方にかかわる初めての洞察をもたらす。
---


山火事の後は、それまで休眠していた植物の種子が一斉に芽吹く。現象としては古くから知られており、樹木が繁茂している状態とは違って、林床に光が差し込む様になっているので、それはそれでとても適応的である。しかし、どうやって光が差し込まない地中に埋もれた種子が火事を知るのかは長らく謎だった。

オーストラリアは南部は、古くから絶えず小規模な野火にさらされており、そこに自生する植物のライフサイクルには、火事は織り”込み済み”になっていようだ。焼け跡に新芽が一斉に芽吹くのであれば、それはまるで植物が火事を繁殖のチャンスとみなしている様にさえ思える。この論文は、火事のあとで様々な植物が一斉に芽吹く、その”仕掛け”の一端に迫るものだ。

その点、人間は火事にはめっぽう弱い。焼け出されたオーストラリアの市民にも、その土地の植物のように頑張って再生していただきたいものだ。

人気blogランキングへ←このエントリーの情報はお役に立ちましたか?

クリックしていただけると筆者が喜びます!

2009年2月18日 (水)

カルタヘナ法施行5年目

遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物多の様性の確保に関する法律(略称はジュゲム法・・・ではなく、カルタヘナ法)は2004年2月19日より施行されている。

今年の2月19日で、施行から丁度5年目を迎える。関係各省では当然ご存知だろうが、カルタヘナ法の附則には次の規程がある。

(検討)
第七条
 政府は、この法律の施行後五年を経過した場合において、この法律の施行の状況について検討を加え、必要があると認めるときは、その結果に基づいて所要の措置を講ずるものとする。

検討の結果、特段の措置が必要ないのであればそれでも良いが、その前に検討の状況はどうなっているのだろう。「所要の措置」は検討の結果を踏まえて対応することになっているので、今後、関係各省で検討が始められることだろう。注意深く見守っていきたい。

# 当事者として参加はしたくない。

この5年間、遺伝子組換え作物の第一種使用については、農林水産省で、38回の生物多様性影響評価検討会(総合検討会)が開催されており(H21,1,21現在)、その下準備のために各総合検討会ごとに2回程度の農作物分科会が行われている。

遺伝子組換え作物の評価の観点は、生物多様性の保全に必要な要件について、遺伝子組換え生物(LMO)の特性+その使用方法を総合して、科学的観点から遺伝子組換え生物の特性を評価できるように定式化されており、評価過程のものの見方が大きくぶれないようになっている(カルタヘナ法施行後の評価済み作物はこちら)。

LMO自体の評価のポイントは、

1. 競合における優位性
2. 有害物質の産生性
3. 交雑性
4. その他の性質

である。

 これらの観点は、基本的にカルタヘナ法施行以前(1997〜2004年)に輸入されきたLMOに関する評価とそう異なるものではない。また、多くの遺伝子組換え作物の場合、

  1. もともとの作物が競合に弱いので野生動植物を駆逐することはない。
  2. 有害物質をほとんど生産しない(ナタネのエルシン酸など一部の例外はあるが、食用作物が有害物質を産生することはあまりない)。
  3. 日本在来の野生植物とは交雑しない(ダイズは例外。ただし交雑はするが、極めて希にしか発生しない。西洋ナタネと交雑する野生植物は知られていない)。
  4. その他の性質については、特に該当するものはない。

という評価であり、作物種としてはトウモロコシ、ダイズ、ナタネ。導入された遺伝子としては、Btトキシン(殺虫タンパク質)、EPSPS(除草剤耐性)、bar(除草剤耐性)。これらの組合せでは、上記の1.-4.については、今後も基本的な科学的評価結果が大きく変わることは余りないと予想される。

---

 カルタヘナ法の施行から5年、それ以前の使用実績とあわせると、10年間以上に亘って科学的な観点から遺伝子組換え作物についての個別の評価を行ってきたのだから、そろそろこれまでの事例を鳥瞰的に評価してみる時期ではないだろうか。”シンクタンク(事務局) + 評価委員の先生(大学や独法)”で、いわゆるメタ・アナリシスを行い、流通と、一般ほ場での栽培について”特定の作物+遺伝子”の組合せについて包括的評価書をまとめてはどうだろうか。もっとも、隔離ほ場栽培に関しては、もう少し簡略な評価方法も可能だとは思うのだが、研究開発段階では色々な組換え体が作成されることから、今後とも個別評価が妥当だろう。

人気blogランキングへ←このエントリーの情報はお役に立ちましたか?

クリックしていただけると筆者が喜びます!

2009年2月17日 (火)

Quantile Normalization

今週は9年ぶりくらいにマイクロアレイを使った実験をしている(昔の仕事。今では主成分分析は当たり前になっていますが、実に原始的ですなぁ)。

今回は、複数の処理間の比較を相互にしたいので一色法(One color)で実験した。

実験は生物研のマイクロアレイラボでさせていただいた。ハードもソフトも初期のものから見ると比較にならないほど進歩している。実際に異なるスライドグラス間で3反復したデータを見比べてみると、r2=0.995位の再現性がある。いやはや大した進歩です。

データ解析も然り。AgilentのアレイはOne colorの実験ではQuantile normalizationによるスケール調整を推奨している。手順は次の通り。

  1. シグナル強度を対数変換(底は2)する
  2. 75%点のシグナル強度の対数値でシグナル強度の対数変換した強度を割る
  3. 個々のプローブの価をアレイ間で中央値が0になるようにシフト

Gene springでこれを一気にやって頂いたのだが、12組のデータセットのうち3組は全く同じサンプルで反復をとったので、3.のステップでは若干バイアスがかかってしまう。

そこで、研究室に戻ってからSASインスティチュートのJMP7を生のシグナル強度から再計算させた。

アジレントの推奨するQuantile normalizationは、75%点のシグナル強度の対数値で、対数変換した個々のシグナル強度を割る。算術的には、処理Xの個々のSignal強度をSxとすると、Normalizeしたシグナル強度Sxnは次の通り。

Sxn = Log2(Sx)/Log2(Col Quantile(Sx, 0.75))

”Col Quantile(Sx, 0.75)”というのはJMPの関数で、カラムの分位点を返す。この場合は0.75を指定する。これって、結局

Sxn = Log(Col Quantile(Sx, 0.75))Sx

75%点のシグナル強度を底にした対数変換と同じことだ。が、JMPの関数では対数の底は10かeしか選べないので、計算上はLog10で処理する。プログラム上の数式は実はけっこう面倒くさい。こんな案配になる。

Sxn = (Log10(Sx)/Log102)/(Log10(Col Quantile(Sx, 0.75))/Log102)

簡略化すれば、

Sxn = Log10(Sx)/Log10(Col Quantile(Sx, 0.75))

Log10(Col Quantile(Sx, 0.75))は定数なので、結構マシではある。

ともあれ、底がシグナル強度の実測値に依存した任意の価だと、比べたいシグナル強度の比がわかりにくい。こういう変換は良いような悪いような・・・。結局、生のシグナル強度に返ってt検定やANOVAをする場合には、Sxnから逆変換をしておかないといけないのだな。

シグナル強度のヒストグラムを見ると、Z変換じゃいかんだろうにというデータを無理矢理正規化している論文も時折見る。が、どう見たって正規分布に近似できないものを、何も考えないで正規分布にねじ込むのは宜しくない。

このQuantile normalizationが妥当かどうか・・・もう少し考えてみないとわからない。

人気blogランキングへ←このエントリーの情報はお役に立ちましたか?

クリックしていただけると筆者が喜びます!

2009年2月16日 (月)

同一種?

両極の海洋生物で、235種は共通していたというニュース。朝日新聞より。

北極にも? 南極にも? なぜか235種の同一生物生息

2009年2月16日11時10分

 【ワシントン=勝田敏彦】海洋生物の分布を地球規模で調べる「海洋生物センサス(国勢調査)」を進める国際グループが15日、北極と南極の海に235種もの同一とみられる生物が生息していたと発表した。長距離の移動ができない生物も含まれており「なぜ1万キロ以上も離れたところにいるのか」と研究者を驚かせている。

 海洋生物センサスは、日本など80カ国以上の数千人の研究者が携わり、2010年の調査結果公表に向けて調査を進めている。

 両極の調査もその一環で、07~08年、南極の海で確認した7500種、北極の海で確認した5500種のうち、少なくとも235種が同一種らしいと判明。長距離の移動ができるクジラや渡り鳥もあるが、数センチの節足動物(エビやカニなどの仲間)や軟体動物(巻き貝などの仲間)もいた。今後、DNA分析で同一種の確認をとり、なぜ同じ生物が二つの極地に分かれたのか、その起源に迫る。

 同じ極地でもホッキョクグマは主に北極域に、ペンギンは主に南極域にすんでいる。

 また今回、冷たい水を好む海の生物が極域に向けて移動していることもわかった。グループは、地球温暖化に伴う海水温の上昇の影響と考えている。

ものによっては卵や幼生の状態で、渡り鳥の足にでも付いて両極を移動するものがいないとも限らないが、それでも結構な個体数がいなければ繁殖して集団をいじすることは難しい。深層流のような海流で流されてきたというシナリオの方がまだ納得できる。

クジラ等は、たしかに長距離を移動するが、繁殖地を中心に分布を見ると地域集団に分化しているケースもある。プランクトンやベントスのように遊泳能力が低いものについても、今回の調査のように、両極にいたと言うだけでなく、もう一歩踏み出して両極の集団がどのくらい分化しているかを比べてみれば、移動のシナリオに目鼻が付くのではないだろうか。

人気blogランキングへ←このエントリーの情報はお役に立ちましたか?

クリックしていただけると筆者が喜びます!

« 2009年2月8日 - 2009年2月14日 | トップページ | 2009年2月22日 - 2009年2月28日 »

twitter

  • Bernard_Domon

Ranking

  • にほんブログ村 科学ブログ 生物学・生物科学へ
    日本ブログ村
無料ブログはココログ