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2009年12月 8日 (火)

デスクトップにスーパー・シーケンサーが載る時代

昨日、"受託DNAシーケンスも価格破壊"というエントリーで、

これは、ダイターミネーターの最後の一花なのだろうか? 今の蛍光シーケンサー用の試薬は製造を止めて売り切れ御免か? 近く、従来型のシーケンサーでワンパス\500といわず、次世代シーケンサーで、環状のテンプレートならカバレッジ80Xで\500という時代が来るのだろうか?

と書いたのですが、どうも本当にそんなことになりそうです。 ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社から"GS junior"という新型のDNAシーケンサーが発表されました(ホームページはこちら。プレスリリースはこちら)。

デスクトップに乗るサイズ(HWD = 40 x 40 x 60 cm)で、1ラン=10時間あたり約4000万塩基(40,000 kbp = 40 Mbp = 4.0 x 107 bp)解析できて、平均読み取り長さは400 bp(モードは500 bp)、お値段は、

“GS FLX”に比べ、本体価格(約1/5)およびランニングコスト(約1/10)を低減
  参考: GS FLX  7,500万円(税別)

なので、本体価格で1,500-2,000万円くらいになりそう・・・つまり、ABI 3130xlの価格帯にほぼ匹敵します。これで1回の運転で大腸菌ゲノムが9Xくらい読めてしまいます。

驚いたなぁ。

プラスミドのシーケンスの確認には勿体無い位の性能ですが、複数サンプルの処理ができるか、読み取り時間を短縮できれば、トランスクリプトーム解析の分野ではマイクロアレイを駆逐する可能性があります。GS juniorは454 FLXと同じ反応系なので、発現解析用にはすこしばかり読み取れる長さが長いため、この用途にはIlluminaやSOLliDの方が向いているかもしれません(cDNAをコンカテマーにしても読み取り時間は変わらないようなので)。

おそらく、数年以内に他社もこの分野に参入するでしょうから、従来型のキャピラリーシーケンサーが"STR解析専用機"になってしまう時代も近いでしょう。

# いずれ、デスクトップ・シーケンサーでパーソナルゲノムを解析する日は来るのだろうか?それとも、臨床検査センターのような受託解析が一般化するのだろうか。さてさて。

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コメント

 化学工業日報(2010/6/30)によれば本体価格1,550万円。1ランのコストは13万円。
 年間通じて稼働させるだけのランニングコストを捻出するのは結構大変かも。

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