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2008年2月17日 - 2008年2月23日の記事

2008年2月22日 (金)

2010年の超高速シーケンス

PRISM 3100が子供の玩具に見える。454 life scienceのシーケンサーや、solexa までもが既に旧式のDNAシーケンサーになる。

そんなシーケンサーをアメリカのPacific bio社が2010年発売を目指して開発中とのこと

1時間で1,000億塩基(100Gbp)、しかも1分子由来のシグナルが数キロベースから25キロベースに渡って出力される (論文はこちら)。 速度も長さも現在あるシーケンサーの能力を遙かに凌駕している。SolexaやSOLiDは25bp程度、 454でも100bp程度の能力なので、長さでも桁違いだ。

CAGEやSAGEと組み合わせると、Microarrayが要らなくなる日はそう遠くないかもしれない。

しかし、データの保存はどうするんだろう?理研に入る予定のHelicosでさえ、1回の運転で2Gbp /day、14TB(!)ものデータ量になるが、1時間でその50倍(700TB !!)ものデータが出ることになる。

もう、研究所にstorage farmを併設しないと埒があかない事態だ。こうなると、 光ファイバーなんかでとろとろデータを送ってる場合ではない。Googleに大量のデータを送る際には、 専用のトランク型のハードディスクにデータを詰めてFedexかDHLで送るらしいが、700TBのデータって・・・ 市販のハードディスクドライブ1個の容量が漸く1TBに達したところなのだが。

CCDの電圧出力としての生データが出る端から圧縮するか、それとも結局はATGCとNの3ビットで1塩基を表せるのだから、 生データをリアルタイムで処理して塩基情報に変換するか、何らかの方法でデータを圧縮しないと大変な有様になりそうです。

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2008年2月21日 (木)

Ark of the Arctic

AFP BB Newsで面白い記事を見つけた。

http://www.afpbb.com/article/environment-science-it/environment/2352890/2656103

「既知の全植物種の種子保存庫、写真を公開」という見出しで、

 「食料農業植物遺伝資源条約(International Treaty on Plant Genetic Resources for Food and AgricultureITPGR) 」に基づき建設中の同施設は、別名「ノルウェー種子バンク(Norwegian Seed Bank)」とも呼ばれている。

とある。いわゆるジーンバンクですな。場所は極北のスバールバル諸島! 私の推測ですが、政治的安定と、冷蔵保存のコストが低いのと、地殻が安定してる、 それから地中だと宇宙線の影響を受けにくいというのが立地条件でしょうか。

えーと、ITPGRの対象は、条約の名前の通り食料遺伝資源です。従って記事の見出しの「全植物種」ってのは、明らかに間違い。 種子保存の対象は作物(とその近縁種くらい?)です。

エントリーの表題の”Ark of the Arktic ”(極地の方舟)というのは、私の命名ではなく"Svalbard Global Seed Vault,  ark"でググったときに出てくるイギリスの新聞社テレグラフの見出しから頂きました。 施設の入り口が方舟のような印象、しかも、施設のミッションも種の保存なのでまさに”Ark”だなー、とおもって調べてみたら、 同じ感想を持った人がいたんですね。しかも極地の”the Arctic”をかけている。英国版親父ギャグのセンスに脱帽です。

でもこちらの記事を読むと、 曰く人口と同じくらいのホッキョクグマが居住地の外をうろついてるのでライフルを持たずに出て行っちゃいけない、とか”Shoot to kill”とか、恐ろしげなことが書いてあります。

遺伝資源関係の職場としてはあまり魅力的な場所じゃないですね。Dr. Cary Fowlerにとってはそうではないようですが。

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2008年2月19日 (火)

最果タヒと言う詩人

本日のニュースによれば、中原中也賞に輝く、だそうな。女性では最年少で受賞。おめでとう御座います。

ご本人のホームページはこちら

文字の使い方なんか見ていると、 コンピュータで綴った詩なのかもと思う。

でも、詩と言う表現形態に縛られてるのか、それが表現の様式(としての約束事?)なのかは分からないけれど、テキストの使い方が何か中途半端な感じ。 そこに凝っても仕方ないけど。

ネットで展開されるようなHTMLで綴る詩は、言葉からリンクアウトする表現があっても良いかも。しかも、 単語の境界と無関係なリンクだって技術的には何の問題もなくできてしまう。 丁度こんな具合に。

私もいつの日か、グラフやテーブルやムービーを散りばめた華麗な詩論文を書いてみたいものだ。

科学もアートと結構似ている。エレガントな実験であったり、緻密な論理構成であったり。時にユーモラスであったり、悲劇的であったり。 結局、科学と言う人間の活動は、その仕事に時間を費やしてきた研究者の人生そのものなのだよね。

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