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2008年12月14日 - 2008年12月20日の記事

2008年12月19日 (金)

踊れる研究者!?

以前、ヴィジュアル系の科学雑誌の時代?というエントリーでヴィジュアル系研究者の時代が来るかも?と予想したのですが、米国では”踊れる研究者求む!”という状況になりつつあるのでしょうか。Technobahnのニュースで知ったのだが、AAASがダンスで研究内容をプレゼンするコンテストを開いたそうな。

まぁ、コンテストだから良いようなものの、研究資金のプロポーザルにダンスのビデオクリップを付けろと言われた日には困ってしまう。ポスドクの募集要項に「ダンスの得意な方」とでも書くのかな・・・。

以下のダンスは”血液中の分子の運動”を表したモノらしい。赤いシャツがなんとなくそれっぽい。

# NHKのためしてガッテンのプロデューサーに監修してもらうと良いかも知れないな。

なお、私、踊らされるのはもう沢山です。

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2008年12月18日 (木)

地方自治体に主要農産物の種子の品質を保証する意志はあるのか?

主要農作物種子法の改正に関わる問題。地方分権推進委員会 第二次答申には次のようにある。

○主要農作物(米、麦、大豆)種子に係る審査・交付業務都道府県は、栽培中の主要農作物の成熟状況等を審査する「ほ場審査」及び生産段階における主要農作物種子の発芽良否等を審査する「生産物審査」を行い、証明書を交付することが義務付けられているが、生 産後の種子の品質等の検査は民間事業者で行われており、園芸作物の種苗生産については都道府県の審査義務はなく民間事業者で適切な種苗生産が行われてることから、栽培中の主要農作物についてのみ都道府県の審査等を義務付ける必要性は低く、民間事業者で実施できるような仕組みとすべき。 (全国知事会・追加分)

答申で不要とされた法律第4条の4,5については次のようにある。

第四条  指定種子生産ほ場の経営者(以下「指定種子生産者」という。)は、その経営する指定種子生産ほ場についてほ場審査を受けなければならない。
(略)
 ほ場審査及び生産物審査(以下本条において「審査」という。)は、指定種子生産者の請求によつて行う。
 都道府県は、指定種子生産者から前項の請求があつたときは、当該職員に、審査をさせなければならない。
 審査の基準及び方法は、農林水産大臣が定める基準に準拠して都道府県が定める。
(略)

その一方で、第5条については、「地方自治体による事実証明(証明書、手帳交付)」は必要としている。法律第5条では

第五条  都道府県は、ほ場審査又は生産物審査の結果、当該主要農作物又はその種子が前条第五項の都道府県が定める基準に適合すると認めるときは、当該請求者に対し、農林水産省令で定めるほ場審査証明書又は生産物審査証明書を交付しなければならない。

・・・県職員による審査はしない。審査の基準や方法は県は定めない。しかし、ほ場審査証明書又は生産物審査証明書は交付する、ということらしい。全国知事会によれば「生産後の種子の品質等の検査は民間事業者で行われており」とのことだが、現状が第4条に照らして違法だと認めておいて、政府にはその現状に合わせろと言う要望なのだろうか?主要農作物種子法施行規則にも、ほ場審査の委託に関する項目はないので、例外なく法律第4条の4に照らして”都道府県は、指定種子生産者から前項の請求があつたときは、当該職員に、審査をさせなければならないことになる。

また、全国知事会によれば「園芸作物の種苗生産については都道府県の審査義務はなく民間事業者で適切な種苗生産が行われてることから」とある。しかし、この議論は国民のエネルギー源としての食糧確保の観点から主要農作物を他の作物とわざわざ区別して品質管理するために設けられた主要農作物種 子法の意味を理解していないのではないか。主要農作物の種子生産の仕組み自体が園芸作物と大きく異なること自体理解できていないように感じる。もしかした ら、証明書を発行する立場の都道府県は、種苗会社と同様に品質管理のために種子生産者と緊密におつきあいしたり指導したりする(それも独自の基準で)、と いうことなのだろうか。

主要農作物種子法の意味を理解していないのか、あるいは意味を理解していて挑戦しているのかについ ては、第5条に関わる証明書の交付の権限は留保したいという意図はあるので、種子の品質保証をするつもりはあって、挑戦する気ではなさそうだ。そうであると すればますます全国知事会の意図がますます分からない。

面倒なのはイヤという我儘?

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2008年12月16日 (火)

文献リスト管理にFreewareを使う

ZOTERO & Windows live sync (Foldershare 改め) またはDropbox

ZOTEROはFirefox(2.0, 3.0)のプラグインとして動作する文献管理ソフトウエア。論文執筆に欠かせない文献リストの作成、管理、出力フォーマットまでやってくれる。

業界標準でEndnoteと 言うのもあるが、高いしあまり融通が利かないというので仕事を持ち帰って家で作業するには向かない。以前、XoopsというContents Management System (CMS)上で動くPubmedPDFと言うものも使っていた。PDFファイルの管理ができるのが良かったのだが、名前の通り基本的にPubmedにしか対応していないしXoopsの上でしか動かない。CMSのセキュリティー管理が趣味、と言う人ならともかく、私はパッチあてだのバージョンアップだのに頻 繁におつきあいするのが苦痛なので、そういう作業は極力避けたかったのだ。

# blogも最初はレンタルサーバーにMovable Typeをインストールして使っていたけど、管理が面倒なので結局cocologに引っ越したし。

一般のユーザーは喜んでフリーウエアのメンテナンスをしたがるものではないのだ。市販のソフトウエアだって、できれば新しいバージョンが出るたびに高いお金を払ってアップデートしたり、インストールし直したりするのも避けたいと願っている。 

その点、Firefoxのプラグインはアップデートが出れば自動的に更新される。しかも、基本的に無料だ。機能が少々劣ったって日常のメンテナンスの負担が小さいソフトの方が良い。これは自分が管理しなくてはいけないPCの台数が増えるほどに痛切に感じる。

PubmedPDF はCMSで動作するのでレンタルサーバー上にインストールしておけば、ネットがつながる環境であればどこからでも同じように使える点が優れている。一方、 ZOTEROはFirefoxのプラグインなので、デフォルトでは作成した文献データベースをローカルディスクのユーザーのフォルダーに作成してしまう (例えばC:\ユーザー\username\AppData\Roaming\Mozilla\Firefox\Profiles\foobaa.default)。・・・こうなるとデータベースの持ち運びが不便なので、ZOTEROの設定を変更してUSBドライブに保存先を設定す る等工夫が必要になる。

ZOTEROのバージョン1.5からは、複数のPCの間での同期が可能になるらしいが、 とりあえず現行のバージョンで何とかしたいので、MicrosoftのWindows live sync(ちょっと前までFoldershareと言った)で共有フォルダを設定して、そこにZOTEROのデータベースを置いてみよう。少し使ってみな いことには何とも言えないが、作業を始める前にまずフォルダーの同期の状態を確認しておかないと、せっかくデータベースを更新したのに問答無用で古いデー タで上書きされると言う悲劇が起こらないとも限らない(しかもoff lineのPC上のデータは同期されない)。

Windows live syncはクロスプラットホームではないのがアレだな、と思っていたらDropBoxと言うものがあるらしい。もう少し調べてみると、DropBox+ZOTEROで同期している方も あるようだ。これならプラットフォームが何でも問題ない!やってみようか。ファイル容量が50GBという有料サービスもあるらしいが、文献データベースで あればそんなにはいらない。しかも、こちらはWindows live syncとは違って、off lineのPCでも接続時自動的ににファイルが同期されるようにようになっているようだ。これは理想的だ。

# あとは不況のあおりで運営会社が止めてしまわないことを願う。

この他、PubmedPDFだとPMIDを打ち込むとタイトル、著者名など必要な情報を自動的にデータベースに登録する機能がある。ZOTEROではそこまでできないのかと、ちょっと思ってしまったのだが、ブラウザーのロケーションバーのアイコンをクリックするだけで登録できてしまう!こっちの方が簡単だ。年末年始の休暇中に切り換えてしまおう。

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2008年12月15日 (月)

断食で寿命が延びると言われても・・・

読売新聞より。

断食は長生きのもと?線虫の寿命1・5倍に、京大が実験

 断食で長生き――。土の中に住む線虫は、断食を繰り返すと最大1・5倍寿命が延びることを、京都大生命科学研究科の西田栄介教授らが突き止めた。

 人間にそのまま当てはまる訳ではないが、断食を繰り返し、食べる時は好きなだけ食べた方が、食事の量を減らすよりも長生きできるかもしれない。英科学誌ネイチャー電子版に15日、発表した。

 西田教授らは線虫に2日間、十分に餌を与えた後、2日間断食させる、というサイクルを繰り返し、餌をずっと与え続けた場合と比較した。その結果、平均24日だった寿命は36~40日と、50%以上延びた。

 モデル動物の線虫の寿命には、人間にもあるレブという遺伝子が関係しており、この遺伝子の働きを止めると、断食を繰り返したり餌を制限したりしても、寿命は延びなくなった。
(2008年12月15日15時51分  読売新聞)

カロリー摂取を控えると寿命が延びると言う研究は前にもあったのですが、これは極端。

オリジナルの論文はこちら。記事で”レブ”と呼んでいる遺伝子は"RHEB-1"。

学名や遺伝子の名称はアルファベットか仮名書きかで失われる情報がある。カタカナで”レブ”と書かれると恐らく専門家で何を言っているのかとまどうことになるだろう。

ちなみに人間の場合は、”断食を繰り返し、食べる時は好きなだけ食べた方が、食事の量を減らすよりも太るかもしれない”のでご用心。

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