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2005年1月16日 - 2005年1月22日の記事

2005年1月22日 (土)

Ubicast bloggerは実にいいぞ!

 このソフト、手放してほめてしまいます。これはいい!Ubicast blogger万歳!であります。特に、 このソフトの基本的機能である、オフラインでエントリーを編集して、あとで投稿するというところが、実にいい!

 私は、主に通勤中のバスでblogを書いてG3データカードで送信しているものだから、電波の状態が悪くなると、 エントリーを途中で保存する訳にも行かず困っていました。Ubicast bloggerのおかげでストレスなく編集できます。

 

2005年1月21日 (金)

楽しい電話・・・?

以下はフィクションである。現実に、似たような話は時折あるが。

私の居る部署の若い衆が電話を受けて何か話している。

若:「Dさん。DNAに詳しい人を出せとおしゃって居るのですが、お繫ぎしてよろしいですか?」

D(私):「はいよ。受けますよ。」

楽しい電話・・・?

以下はフィクションである。現実に、似たような話は時折あるが。

私の居る部署の若い衆が電話を受けて何か話している。

若:「Dさん。DNAに詳しい人を出せとおしゃって居るのですが、お繫ぎしてよろしいですか?」

D(私):「はいよ。受けますよ。」

-----

O:「あー、もしもし」

D:「はい、お電話変わりました。」

O:「私は、宮城県のOと申しますが、DNAに詳しい人と話をしたいのですが。

D:「はぁ、私でよろしければ」

O:「あのう、日本の生物学教育では、進化論を教えていますよね。あれは色々な考え方のある中での一つの説であって、 他にも考え方があるわけです。」

D:「と、仰いますと?」(多分、アメリカで創造説を教える州があることを引き合いに出すな!)

O:「アメリカでは進化説の他に、生物は神が創ったという創造説を教えますが、どちらを採るかは生徒に選ばせます。」

D:(本当かいなと思いつつ)「生徒に選択させているかどうかは存じませんが、確かにそのような州もあるとは伺っております」

O:「カナダでは、進化説と創造説のほかに、人類は宇宙人が作ったという説を教えています」

D:「ほ、本当ですか!」(あぁ、困った。こりゃー困った。)

O:「そうです。事実は、人類は宇宙人が作ったのです。しかし、日本の教育では進化説しか教えない。 選択の余地がないというのは本当に困ったものです」

D:(困ったものってどっちのことだい!と思いつつ)「それで、あなたはここに電話してきて、一体どうなさりたいのですか? 日本の教育現場でも人類は宇宙人が作ったと教えろと、そう仰りたいのですか?」

O:「そうして頂けるとありがたいのですが」

D:「それで、人類は宇宙人が作ったという事実は、どなたか研究なさっている方がおいでなのでしょうか?」

O:「ある人が、確かに宇宙人が作ったのだと、そういっています。」(確信的にきっぱり。)

D:「もしかして、その、確信を持っていらっしゃるからには、あなたのお知り合いに宇宙人がいらっしゃるんですか?」

O:(やや間があって、ちょっとうろたえ気味に)「・・・いや、ある人がそういっているのです。」

D:「科学的に正しいと言われていることというのは、どこかの誰とも分からない人が、こう言ったというだけでは通用しないんです。 多くの研究者が検証して、確かだと言える事だけが長い時間の中で残っていって、それが事実として認められるんです。 研究の積み重ねもないものをいきなり学校で教えろって言うのは、あまりに乱暴に過ぎませんかね。それとも、 どなたか研究してらっしゃるんですか?」

O:「あんたは、そうやって理屈を言うけれども、人間は時には直感に従うものです。人間が多くの生き物の中で唯一、 宇宙に行きたいと思うのは、宇宙人が作ったからです。そうでなくて、どうして宇宙に行きたいと思うんですか。ところで、あんたは、 DNAは人間の設計図だと思いますか」

D:(直感で研究が成り立つならうらやましい限り、と思いつつ)「いえ。あなたの仰るDNAというのが、 デオキシリボ核酸であったとしての話ですが、DNAは人間の設計図ではありません。ただの物質です。設計図の図面に例えるならば、 DNAは紙やインクのようなものです。それが人の設計図といえるようになるには、 遺伝情報を伝えられうように決まりをもって並んでいなくていけません。言い換えると、 DNAの並んでいる順番によって決められる情報そのものが設計図に近いものです。DNAそのものは設計図では、ありません。」

O:「人と猿の違いだって、DNAで決まっているんだから、設計図じゃないですか。」

D:(この人は媒体と情報の区別がつかないのだなと思いつつ)「最近、ヒトとサル、チンパンジーですが、 その遺伝子多数を比較したという論文が出ているのですが、それによると、遺伝子の数で言えば98.6%までが共通で、 違っているのは1.4%くらいだということです。しかし、ヒトをヒトたらしめているものが、わずか1.4%であるという数の議論は、 この際あまり重要ではないんです。全体が構造的にどんなに似ていても、遺伝子の働きを決める部分が大きく違う場合もありますし、 そういった少しずつの構造的な積み重ねで、見かけが大きく変わることもあるんです。遺伝子の本質的な意義は機能にあるんですよ。」

O:「あんたね、DNAの専門家なのか?」

D:(自分でDNAに詳しいやつを出せといったくせに!とおもいつつ)「DNAの多様性の解析で学位を頂いております」

O:「あんたね、人間がいくら賢いったってね、宇宙人から見ればね、2万5千年は遅れてるんだ! サルにはサル並みの教育しかできんのか、あーあ。ガシャ、ツー」

D:「2万5千年って・・・。」

-----

D:「おい、若い衆。」

若:「はい?」

D:「技術的な相談の電話は受けるけどね、今のみたいなのは困るんだよね。人間を作ったのは宇宙人だ、それを学校で教えるべきだ、 なんていうのは。おれ、宇宙人の専門家じゃないし。私の電話は、外から直通ではかからないようになってるんだから、 君がファイアウォールになってくれないと困るじゃないか!」

若:「宇宙人って・・・。ボクが話してたときはそんなこと言ってなかったんですけどね。」

D:(うんうん。あんたなら話が合うんだろうなぁ、と思いつつ)「人に電話を繋ぐときは、用件をよく確かめてからにしてください!」

隣で聞いてたNさんは、「そんな電話でDさんを遊ばせてちゃ、だめじゃない。仕事してもらわないと!」ですと。

・・・というある日の妄想であった。

もっとも現実は、限りなくこれに近い。

-人工衛星に狙われている!という人

-携帯用小型核融合炉の図面をFaxで送ってくる人

-秘密機関につかまって手術されて何か埋め込まれた!という人

-いい賃貸の物件があるんですが、投資してみませんか?という人

前三者よりは幾分現実的だが、私どもにそんなお金があると信じ込んでいるあたりの現実遊離は、どっこいどっこいである。 この手の勧誘はハイカラげな会社名を言って、前任者のO坪さんにお話がある、といってファイアウォールを潜り抜けてくることがある。 今度かかってきたら「はい、O坪です。」と明るく電話を受けて罵詈雑言を浴びせてから切って見ようかと楽しみにしている。

2005年1月19日 (水)

網羅的発現解析のTPO その2

 AFLPベースの網羅的発現解析の手法が日本で開発された。HiCEP(High Coverage Expression Profiling)という。

 前回は測定器としてDNAシーケンサーを使う手法との比較を試みたが、 今回は網羅的遺伝子発現解析プラットホームの標準として普及しつつあるDNAマイクロアレイと比較してみたい。

HiCEPの方が優れていると思われるおもな点を列挙する。

  1. プラットホームが普及している。また、改良のスピードが速い。
  2. ゲノム情報の揃っていない生物にも適用可能。
  3. SNPによるシグナル強度の誤差はない。
  4. 再現性が高い(らしい)
  5. cDNA情報として網羅されていない転写産物についての情報が得られる。

逆にDNAマイクロアレイの方が優れていると思われる点を列挙する。

  1. 市販のアレイと検出キットを使用する場合、他のラボのデータとも容易に比較できる。
  2. シグナルの対応する遺伝子があらかじめ分かっているので、測定したい遺伝子を決めて、 その発現パターンとの対応を容易に見ることができる。
  3. シグナル強度の誤差の性質が比較的良くわかっている。
  4. 検出器のダイナミックレンジが広い。

などなど。思いつくままに書いているので取りこぼしはあるかもしれない。

以上の比較で見えてきたことは、すでにゲノム研究のデータが完備しているモデル生物には、 複数のラボでデータが共有できる大規模プロジェクト向きのDNAマイクロアレイが適しており、小さなラボ単独で、 モデル生物以外の生物について解析したい場合には、HiCEPが適しているといえるだろう。

 一頃よりはDNAマイクロアレイ・リーダーも技術的に成熟しており、 DNAマイクロアレイ自体もcDNAよりは長めのオリゴDNAアレイが主流になりつつある。 この5年くらいで研究のプラットホームとしての完成度はずいぶんと高くなってきた。しかし、 分析機器としての総合的な完成度はまだDNAシーケンサーには及ばないし、DNAマイクロアレイの市販されていない生物については、 自らスポッターも買わなくてはならず、解析プラットホームの整備に必要な経費は3,000万円程度はかかる。HiCEPの場合、 DNAシーケンサーもピンキリではあるが、最低700万円くらいあれば何とかなる。できれば2700万円くらいの機種であれば感度、 スループット、自動化の効率とも申し分ない。しかも、DNAマイクロアレイリーダーは専用機であるのに対し、 DNAシーケンサーは当然のことながらDNAシーケンスにも使える。 設備投資の効率としてはDNAシーケンサーの方が優れているかもしれない。

 実験に当たって必要な研究者の拘束時間(ベンチタイム)についての比較は、やってみないとわからない部分が多いが1st strand  cDNA合成後の反応としては、マイクロアレイはハイブリダイゼーションと洗浄 (ハイブリダイゼーションの時間はベンチタイムには普通含まない)で、ほぼ1時間。HiCEPは2nd strand cDNA合成と制限酵素処理二回、アダプターライゲーション、 PCRと酵素反応がテンコ盛りなので拘束時間とランニングコストは結構高くなる公算が高い。積算してみないと正確な比較はできないが。

2005年1月18日 (火)

「ODA0.7%を」 国連、貧困対策で常任理希望国に

 1/18の朝日新聞の見出しである。記事によると、「日本[のODA]は[GNPの]0.2%で、経済協力開発機構(OECD)の開発援助委員会(DAC)に属する22の援助国のうち、19位(03年)にとどまっている。米国は最下位だった。」とある。([] は私が補足した。)
 しかし、この記事では、開発援助委員会(DAC)に属する22の援助国のうち、金額ベースでは日本が最大の援助国(アメリカは二位)であることには一切触れていない(外務省のホームページ、2000年の集計。最新でないのはアレなのですが。)。
 朝日新聞は、22カ国のODA全体に占める日本の貢献度は25%であること、GNP比0.7%を達成している国は5カ国であること、常任理事国(アメリカ、イギリス、ロシア、フランス、中国)のうち、この基準を満たしている国はひとつも無いという事実もまた報道するべきである。この答申をした、アナン国連事務総長から提言を求められた専門家は、この辺の事情をどう考えているのだろう。
# 特に「常任理事国入りをめざす日本について質問を受け、「地球規模の指導力を追求する国が、開発援助の対GNP比0.7%達成という約束をどうするかに世界が注目している」と述べた」アメリカ・コロンビア大学のジェフリー・サックス教授は。

 また、「外務省関係者は「0.7%は増税でもしない限り無理。援助減で常任理事国入りが遠のくことのないように努力する」としている。」というコメントも載せているが、0.7%を達成する方法はそれだけではない。GNPを下げれば良いのである。0.7%達成の目処とされる2015(10年後)には、わが国の高齢化は一層進み、労働人口は減り、GNPも今よりは低くなっているかもしれない。しかし、もっとましなコメントはできなかったものかね。他にも言ったのにバッサリ切られたのでしょうか。

 ともあれ、GNP比のみで援助額を算定するのはおかしい。「身の丈に応じた援助を、」という意味合いもあろうが、日本の高いGNPの幾分かは、物価高によるものだろうから。

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